Il santuario si articola su due livelli:

il piano terra con la Chiesa e i vari ambienti come la cucina e il refettorio; il piano superiore ove vi sono celle e stanze per la notte. La comunicazione tra i due piani è resa possibile da una scala a chiocciola di legno.

C'è anche un'entrata posteriore dall'esterno che porta direttamente al piano superiore grazie ad un ponticello sorretto da un arco in muratura. Da tale ingresso ci si trova in un locale coperto a volta; la particolarità di esso è che sul lato sinistro vi è una nicchia scavata nel muro, ritenuta essere i servizi igienici.

Dopo un lungo corridoio si accede ad un imponente salone con affreschi decorativi nella parte alta delle pareti e con quattro finestroni da cui si può ammirare tutta la valle telesina, il Monte Matese e il Monte Taburno.